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 康熙之前， 满洲人就在逐步征服蒙古， 但蒙古人开始根本瞧不起满洲。第一次和蒙古人交战是1593年（明万历二十一年）叶赫等部联合蒙古科尔沁部的翁阿代、莽古思、明安(科尔沁左翼后旗之祖)及其所属锡伯、卦尔察和哈达、乌喇、挥发、满洲长白山所属朱舍里路、纳殷路等九部兵三万人，攻打努尔哈赤，史称九部联军伐满洲。
努尔哈赤率八旗军一举将其击溃，叶赫部布寨被杀，乌喇部贝勒布占泰被擒，“蒙古科尔沁贝勒明安马被擒，遂弃鞍，仅身免”，从此，科尔沁部成为第一个归顺满洲的蒙古部落。后金实力之强，超出蒙古人的想象，明朝便支持察哈尔林丹汗跟后金为敌。
察哈尔林丹汗是成吉思汗的后裔，其实力雄居内蒙古各部落之首，他很有野心，妄图通过武力统一蒙古，但他贪婪暴虐，对各部落索求无厌，昏于酒色，内蒙古各部落便纷纷投靠后金，寻求庇护。
天命十年，林丹汗攻打科尔沁部，八旗军赶紧去救援，还没交战，林丹汗就连夜拔营逃走，慑于后金的强大，不敢与之争锋。
皇太极继位后，召集归附的蒙古各部进攻察哈尔，天聪六年，大军攻入察哈尔，林丹汗早就成了惊弓之鸟，皇太极穷追不舍，一直追到青海而返，沿途大同，张家口的明朝守军，惧怕后金兵威，反而送给皇太极很多礼物，双方进行了贸易谈判。八旗军此次作战，历时四个月，往返一万多里，战斗力受到极大的锻炼和提高。
林丹汗这只丧家犬，率残部逃往西藏，原十几万部众，离散十之八九，他本人得了天花，死于青海大草滩，部众一哄而散。23岁的多尔衮率部队在黄河以西捕获了林丹汗的儿子额哲及其母亲，从其手中得到了元朝遗留下来的传国玉玺，此玉玺自汉代传到元代，如今被皇太极得到。
皇太极大喜，1636年（天聪十年）3月，科尔沁等蒙古部十六部四十九台吉汇集盛京，请皇太极受尊号。4月11日，皇太极称皇帝，更国号为大清，后人尊为他清太宗，追尊“奉天覆育列国英明汗”努尔哈赤为清太祖，改元崇德。23日，封官赐爵。其中，封科尔沁土谢图济农巴达礼为和硕土谢图亲王，吴克善台吉为和硕卓礼克图亲王。
为了更有效的统治蒙古地区，皇太极于1636年（崇德元年）设立蒙古衙门，专管蒙古事务。把内蒙古分为六个盟，四十九个旗（相当于县），盟长、旗主世袭，由清帝任命，依照其实力不同授予其大小不等的爵位，实行封禁政策，禁止各旗之间为了草场而争夺，把小的部落合并为一个旗，把大的部落分为几个旗（如科尔沁就被分为6个旗，分别是科尔沁左翼前旗，科尔沁左翼中旗，科尔沁左翼后旗，科尔沁右翼前旗，科尔沁右翼中旗，科尔沁右翼后旗），从此内蒙古结束了长期的分裂和战乱，创造了较为长久的安定环境，对蒙古族的文化和经济发展都有了极大的提高。
自此，清太宗皇太极征服整个内蒙古地区，庄严的接受了玉玺，象征着他已经成为蒙古的合法统治者，而且是一统万年之端，天命归清，这种信念更加增强了满洲的进取心，那就是要和明朝争夺整个天下。随后皇太极发动了对朝鲜的侵略战争，他在沈阳召集蒙古各部兵马，加上八旗军，号称十万。仅仅用了三个月，就征服了朝鲜，在江华岛俘虏了朝鲜国王和他的儿子王妃大臣，举行了受降仪式，确定了清朝和李氏朝鲜的君臣关系，明朝根本来不及反应，只能无奈面对这一事实。
清太宗死后，顺治大帝攻入中原，用了不到两年时间，就征服了内地十八省，剿灭了危害明朝十七年之久的李自成和张献忠等农民军，他统治时期是清朝历代帝王开疆扩土最大的，所以死后被尊为“世祖”，可以与元世祖忽必烈齐名。当然，这些武功99%应该是多尔衮的。
顺治时期的外蒙古，并没有纳入清朝的直接控制，而是保持了朝贡的关系，和朝鲜一样，顺治帝一生主要把精力用在继续巩固内蒙古和内地的统治。清朝建国前后，蒙古诸部的形势是：一六三五年林丹汗败死，内蒙古诸部均归于清朝统治。外蒙古喀尔喀诸部向清朝进九白之贡，与厄鲁特诸部同被称为“朝贡之国”。和硕特部在青海地区兴起，南下控制了西藏。准噶尔部随后又在伊犁地区兴起，据有天山南北，并北上向外蒙古诸部扩张。土尔扈特部向西发展，与俄国贸易，并在一六三九年进入里海东岸，统治了当地的土库曼人。杜尔伯特部依附于准噶尔部，也有部分部民随土尔扈特部西迁。喀尔喀蒙古与厄鲁特蒙古诸部，面临着俄国侵略势力的威胁。蒙古各部之间也存在种种矛盾。
康熙帝16岁除掉权臣鳌拜，亲自主政。20岁，开始削藩战争，一打就是八年，直至彻底削平三藩，避免了中国再次陷入分裂，两年后，收复台湾，至此，大陆及沿海岛屿，尽入清帝国的版图，此时康熙年仅30岁，时间是康熙２２年。
三十而立的玄烨把目光转向北方辽阔的草原。此时清帝国尚未有效控制外蒙古，外蒙古的战略地位及其重要，它的北边是俄罗斯，西边是控制整个新疆的准葛尔汗国（首都伊犁）。俄罗斯人很早就开始蚕食黑龙江的土地，清军多次驱赶，但他们很快就卷土重来，康熙２３年，清军占领雅克萨，随后失去，双方开始谈判，并伴随军事对抗，由于俄国人的侵略并不会对清朝构成实质威胁，远非清朝对手，俄国距离清朝太远，清朝也无力像征服朝鲜和内蒙古那样征服它，康熙帝意在吞并外蒙古，所以，对俄战争并不积极，但外蒙古因为首当其冲受到俄国的侵扰，所以积极要求清朝对俄作战，康熙不予理会，仅与口头支持，准葛尔汗国的葛尔丹野心勃勃，要与清朝争雄，勾结俄国，侵略外蒙古，在俄罗斯和准葛尔的双重打击下，外蒙古的实力迅速衰落，五年后，康熙帝看时机已到，发兵全力攻打雅克萨，使其不再有能力发动侵略战争，迫使其于康熙２８年签订《尼布楚条约》，并让给了俄国一大片土地，之所以这么做，是给足俄国人甜头，暂时满足他们的胃口，使其放弃对准葛尔汗国葛尔丹的支持，我们不能怪康熙帝对土地价值认识的低下，即便是俄国人，当时也无法充分认识到远东土地的价值，以至于后来日俄战争时期，竟把阿拉斯加那么一片土地卖给美国以换取战争经费。相反，如果对俄国人寸步不让，或者对其的打击太早，无异于会让俄国人加强和葛尔丹的联合，增加清朝吞并外蒙古的困难。
此时，外蒙古的酋长们，草场被葛尔丹几乎抢光了，乞丐一样的跑到北京向康熙帝寻求庇护，内蒙古的酋长们也慌了，害怕葛尔丹打进来，康熙帝这时候便以“救世主”的身份出来，告诉他们不要怕，遂调集兵马，开始对葛尔丹进行打击～！
康熙２９年，康熙帝亲征，任命其兄裕亲王为大将军，在乌兰布通与葛尔丹展开决战，葛尔丹此前没有和清军交战过，不知深浅，他把一万头骆驼捆住脚，卧在地上，在驼背上搭起箱垛，把部队隐藏在“驼城”内，向外射箭。这种原始的作战方式让康熙帝感到好笑，清军的炮兵开火了，“驼城”被炸得血肉横飞，紧接着清军的骑兵和步兵就冲了上来，葛尔丹的军队大败，落荒而逃，派随军的西藏喇嘛去求和，十几万军队仅剩几千人回到新疆。这次战争，由于火器的作用，标志着北方游牧民族对中原再也不能构成威胁了。
康熙帝占领了部分外蒙古，仿照内蒙古的政策，把它编成３７个旗。五年后，葛尔丹不死心，卷土重来，康熙帝再次亲征，于昭莫多再败准葛尔的军队，葛尔丹只带着几个亲信逃回新疆，康熙３６年，葛尔丹病死。康熙帝控制全外蒙，于是又增加了５０多个旗，总共八十六旗，计：土谢图汗部20旗，属汗阿林盟；三音诺颜部22旗，厄鲁特2旗，属齐齐尔巴克盟；车臣汗部23旗，属克鲁伦巴尔和屯盟；札萨克图汗部18旗及辉特部1旗，属札克必拉色钦比都哩雅诺尔盟。
至此，清朝完成了对内外蒙古的吞并，内蒙古四十九旗组成六个盟：哲里木盟、卓索图盟、昭乌达盟、锡林郭勒盟、乌兰察布盟、伊克昭盟。他们分别由盛京将军、黑龙江将军、吉林将军、热河都统、察哈尔都统和绥远将军节制。外蒙古归乌里雅苏台将军（定边左副将军）节制。
但是准葛尔汗国并未衰落，发兵占领西藏，康熙５９年，清军从四川攻入西藏，准葛尔军队逃回新疆，康熙派皇十五子胤禔为抚远大将军，驻在青海，雍正登极后，换成年羹尧和岳钟琪，于雍正二年，只用了十五天时间，就把面积约六十万平方公里的青海土地，完全征服，纳入清政府中央版图。
准葛尔人不甘心失败，没完没了地在边境骚扰。雍正七年，清朝任命傅尔丹为靖边大将军，对准葛尔汗国发动总攻，试图一举并吞新疆，但傅尔丹骄傲无能，轻敌冒进，中了埋伏，结果全军覆没，狼狈逃回。准葛尔军队得意忘形，攻入外蒙古，却遭到三音诺颜部郡王的阻击，清政府立即把他擢升为亲王，第二年，准葛尔再度来攻，又遭三音诺颜部三万蒙古兵团阻击，结果大败，从此再没有力量发动进攻。
乾隆帝登极后，两国和平共处很长一段时间，后来准葛尔汗国内部四分五裂，混战不断，清朝趁机发动攻击，乾隆２２年，北路蒙古兵团由蒙古人成衮札布当总司令（定边左副将军）；西路满洲兵团由满洲人兆惠当总司令（定边右副将军），攻入新疆，阿睦尔撒纳束手无策，只好逃到哈萨克王国，再逃到俄国，他也染上了天花，一病而死。准噶尔人用游击战作誓死不屈的抵抗，使兆惠疲于奔命。这更增加乾隆帝的愤怒，他下令兆惠执行他的灭种政策。准噶尔人从此在他们的故土上消失，只剩下一个地理名词准噶尔盆地和横亘在中、俄两国边界上的准噶尔门（新疆博乐东北阿拉山口）要塞，供后人垂泪凭吊。一个人或一个小团体，为了尊严的理由，宁可玉破，不为瓦全，他们所作的壮烈牺牲，应受万世的崇敬。但一个国家或一个民族，应有智慧和勇气接受屈辱，瓦全还有复兴之日，玉碎便永无希望了。准噶尔人的遭遇，使我们惊悸。
新疆被清朝吞并，是自八世纪西域脱离中国版图一千年之后，重新回到中华大家庭，此时的俄国人已经把触手伸到中亚，清朝赶在其前面占据新疆，直至清朝末年，左宗棠再次剿灭分裂势力，捍卫了这块辽阔的战略要地，清朝设立伊犁将军统辖全疆。
清朝连续六代君主不懈的开疆拓土 这是中国五千年历史上巨无仅有的孤例 非常值得那些推动中华民族伟大复兴的仁人志士学习！
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